Focus on Bioinfo Researches

Bioinformatics Researches in Science and Nature

ภัสสร วรรณพินิจ

สวัสดีค่ะพี่ๆ และเพื่อนๆ ทุกคน พบกันอีกครั้งนะคะใน “Focus on Bioinfo Researches” คราวนี้ดิฉันขอหยิบเรื่องราวน่าสนใจจากวารสาร Nature และ Science มาเล่าให้ฟังค่ะ

เริ่มจากวารสาร Nature กันก่อนนะคะ เนื่องจากวารสาร Nature เป็นวารสารรายสัปดาห์ ดิฉันจึงขอนำเสนองานวิจัยที่น่าสนใจที่ในวารสารนี้ตลอดช่วงเดือนตุลาคมที่ผ่านมาค่ะ เริ่มกันที่สิ่งมีชีวิตขนาดเล็กๆ อย่างกันก่อนนะคะ มีการศึกษาข้อมูลลำดับเบสของประชากร Escherichia coli ในห้องวิจัย ในการทำความเข้าใจอิทธิพลของวิวัฒนาการของ genome ต่อการปรับตัวของสิ่งมีชีวิตค่ะ ผลการวิจัยของงานชิ้นนี้บ่งชี้ว่า การแทนที่เบสที่เอื้ออำนวยต่อการปรับตัวของสิ่งมี่ชีวิตนั้น เกิดขึ้นอย่างคงที่ค่ะ รายละเอียดของงานวิจัยชิ้นนี้สามารถหาอ่านได้จากหัวข้อ “Genome evolution and adaptation in a long-term experiment with Escherichia coli”

สำหรับผู้ที่สนใจ plant genome นะคะ มีการศึกษาลำดับเบสใน genome ข้าวในการประเมิน insertion rate ของ DNA transposon ที่ชื่อ mPing รวมถึงอิทธิพลของการสอดแทรกของ mPing ต่อการแสดงออกของยีน คณะวิจัยพบว่า อัตราการเพิ่มของ mPing อยู่ที่ประมาณ 40 copies/plant/generation ซึ่งนับว่าค่อนข้างสูงทีเดียว ซึ่ง mPing นี้ส่วนใหญ่แทรกอยู่ในบริเวณ 5’ flanking region ของยีนค่ะ รายละเอียดของงานวิจัยชิ้นนี้สามารถหาอ่านได้จากหัวข้อ “Unexpected consequence of a sudden and massive transposon amplification on rice gene expression”

สำหรับผู้ที่สนใจ human genome นะคะ เดือนนี้มางานวิจัยที่เกี่ยวกับ human genome หลายงานเชียวค่ะ แต่ละงานก็น่าสนใจมากทีเดียว อย่างเช่น การทำแผนที่ methylated cytosines จาก human embryonic stem cell และ fetal fibroblast ซึ่งน่าจะเป็นประโยชน์ในการทำความเข้าใจอิทธิพลของปัจจัยอื่นนอกเหนือจากการเปลี่ยนแปลงในลำดับเบส หรือที่เรียกว่า epigenetic เช่น epigenetic modification ต่อการเกิดโรค การพัฒนาของโรค รวมทั้งพัฒนาการของมนุษย์ รายละเอียดของงานวิจัยชิ้นนี้สามารถหาอ่านได้ในหัวข้อ “Human DNA methylomes at base resolution show widespread epigenomic differences” นอกจากแผนที่ methyomes แล้ว ยังมีการทำแผนที่ของ human copy number variation (human CNV) ด้วยค่ะ แผนที่นี้ถูกสร้างจาก genome ของคน Europe, Africa และ Eastern Asia ค่ะ นอกจากนี้ คณะวิจัยยังได้ศึกษาความสัมพันธ์ของ Human CNV กับ Human SNP รวมถึงความเป็นไปได้ที่ common human CNVs ที่พบนี้ จะช่วยในการทำความเข้าใจเกี่ยวกับการเกิดและพัฒนาการของโรคในคนด้วยค่ะ พี่ๆ และเพื่อนๆที่สนใจ สามารถหาอ่านรายละเอียดได้จาก “Origin and functional impact of copy number variation in the human genome” ขอเสริมอีกนิดค่ะ มีบทความสั้นๆ ที่น่าสนใจเกี่ยวกับ Human genome อีกเรื่องในหัวข้อ “Genomics: Human genome in 3D” ลองตามไปอ่านกันนะคะ

สำหรับวารสาร Science ก็เป็นวารสารรายสัปดาห์เช่นเดียวกันค่ะ ดิฉันขอเริ่มกันที่งานวิจัยและบทความเกี่ยวกับการศึกษาบรรพบุรุษของมนุษย์โดยศึกษาจาก genomic data ประกอบกับข้อมูลทางด้านอื่นๆ เช่น ข้อมูลทางด้านชีววิทยา ชีวเคมี และสรีระวิทยาของ African apes และมนุษย์ รายละเอียดของงานวิจัยและบทความสามารถหาอ่านได้จากหัวข้อ “The great divides: Ardipothecus ramidus reveals the postcrania of our last common ancestors with African apes” และ “Understanding human origins” นอกจากนี้ยังมีงานวิจัยที่น่าสนใจเกี่ยวกับการใช้ข้อมูล metabolite array ในการศึกษาการทำงานของ genome และสร้าง profile metabolic pathway ในสิ่งมีชีวิตต่างๆ ในหัวข้อ “Reactome array: Forging a link between metabolite and genome”

สำหรับพี่ๆ และเพื่อนๆ ที่สนใจเกี่ยวกับการจัดการข้อมูลต่างๆ น่าจะสนใจ 2 บทความนี้นะคะ เรื่องแรกเป็นเรื่องเกี่ยวกับการจัดการข้อมูล omics ต่างๆ เช่น genomics proteomics และ metabolomics ทั้งในเรื่องการจัดเก็บรักษาข้อมูลในรูปของopen source การเข้าถึงข้อมูล และรูปแบบของข้อมูล รายละเอียดสามารถหาอ่านได้จาก “Omics data sharing” อีกบทความหนึ่ง เป็นเรื่องเกี่ยวกับแนวโน้มในการจัดการข้อมูล genome sequence โดยเฉพาะเรื่องที่เกี่ยวกับการตรวจสอบและแก้ไขความถูกต้องของ genome sequence ซึ่งรายละเอียดต่างๆสามารถหาอ่านได้จาก “Genome project standard in a new era of sequencing” ค่ะ

สำหรับฉบับนี้ ดิฉันก็ขอจบไว้เท่านี้ก่อนนะคะ ถ้าพี่ๆ เพื่อนๆ และน้องๆ คนใด มีข้อเสนอแนะ หรือข้อติชมใดๆ เพิ่มเติมก็สามารถส่งตรงมาได้ที่ e-mail: passorn_wa@hotmail.com นะคะ ทั้งนี้ก็เพื่อจะได้นำไปปรับปรุงให้ดีขึ้นค่ะ ขอบคุณค่ะ